Ich führe das hier noch etwas weiter. Die Webseite war ja schon verdammt alt, ließ sich aber auch nicht aktualisieren!?
Eine Suche ergab, das ich das Akeeba deinstalliert hatte (war abgelaufen) aber ein Plugin jedes Mal reinpfuschte. Nachdem ich das Plugin ausfindig gemacht hatte und es deinstalliert hatte, konnte ich Joomla! ganz normal aktualisieren.
Nachdem Joomla! nun auf der aktuellsten Version war, konnte ich
extension=mcrypt.soauch wieder auskommentieren.
;extension=mcrypt.so